第3编　明朝西藏历史

　　明朝时期，开启了明清大一统的又一个历史时期。“明初封略，东起朝鲜，西据吐蕃，南包安南（越南），北距大碛，东西一万一千七百五十里，南北一万零九百四里。自成祖弃大宁，徙东胜，宣宗迁开平于独石，世宗时复弃哈密、河套，则东起辽海，西至嘉峪，南至琼、崖，北抵云、朔，东西万余里，南北万里。”明朝继承元朝治理西藏的措施，并结合自身实际，在西藏地方设立行政机构，封授官员，恢复驿站，通过茶马贸易控御西藏地方。明朝还重视西藏地方各个宗教势力，采取多封众建，册封三大法王、五大教王，实现了维护地方稳定，保障西藏与内地各方面联系畅通的目标。与元朝相比，有所不及；从自身而言，却也可圈可点，很有特色。

　　达延汗统一漠南、漠北以后，命其子巴尔斯博罗特掌管右翼三部，即鄂尔多斯、土默特、喀喇沁三部。约在公元1530年，巴尔斯博罗特的长子衮必里克墨尔根（1506—1550）移牧到了河套地区（包括今宁夏和陕西北部、内蒙古南部），成为鄂尔多斯部的首领。此后不久，巴尔斯博罗特的次子俺答汗离开了河套地区，移居到今呼和浩特一带，成为土默特部的首领。由此可见，鄂尔多斯与土默特两部不仅在地理上相邻，而且两部的王族在血缘关系上也是十分密切的。衮必里克墨尔根在世时就不愿管理政务，委托俺答汗代管，他去世后，鄂尔多斯部实际也听俺答汗的调遣，因此他成为蒙古各部中实力最强的首领。从1529年起的30年间，多次攻入今陕西、山西、河北三省的北部，劫掠牲畜、人口。1542年，俺答汗因他派往明朝请求入贡的使者被明朝杀死，他又大举攻入山西，陷大同、太原，一直攻到晋东南的潞安、长治一带，俘二十万人众，掠牲畜二百万头。1550年，他又领兵到达北京郊区，对明朝造成严重威胁。1554年，俺答汗召集汉族农民和工匠在今土默特右旗建房开垦，称“板升城”，据说当时在板升城就建有佛塔，可见俺答汗当时就与佛教有一定的关系。直至1571年俺答汗归顺明朝，受明封为“顺义王”，他对明朝的进攻才算缓和了下来，双方还在宁夏、陕西沿边地区建立互市的关系。1552年，俺答汗和库图克台彻辰洪台吉率土默特和鄂尔多斯部征讨卫拉特四部，迫使土尔扈特部与和硕特部从今天的蒙古国的西部退入今新疆地区。1559年，俺答汗又率部进入青海，驱除了卜儿孩部，并留下俺答汗之子丙兔在青海驻守。

　　一、仰华寺会晤

　　随着俺答汗和库图克台彻辰洪台吉在青海的经略，土默特部和鄂尔多斯部与青海藏族部落发生了联系，在这种民族关系中，藏传佛教又一次发挥了它在民族交往中的重要作用。据《蒙古源流》记载，1566年，库图克台彻辰洪台吉率兵进攻涉藏地区，攻到一个名叫锡里木济的三河会合口，派代表与当地藏传佛教领袖人物接触，要他们归顺，共同信奉佛教；如不归顺，即以兵戎相见。据说宗教领袖们经过一番考虑之后，决定归顺。于是库图克台彻辰洪台吉带了勒尔根、阿斯多克·赛音班第、阿斯多克·瓦齐尔·托迈·桑噶斯巴三名喇嘛返回。从此鄂尔多斯部与藏传佛教建立了联系。据《俺答汗传》记载，俺答汗与藏传佛教的最早接触，是在1571年，即俺答汗接受明朝授予的“顺义王”封号的当年，有藏传佛教高僧阿辛（或作阿升）喇嘛到蒙古地区传教，阿辛喇嘛会见了俺答汗，劝他皈依佛教，敬奉三宝。《蒙古源流》则记载1573年俺答汗进兵喀喇·土伯特之地，攻打了甘青及四川涉藏地区，并请来阿哩克喇嘛、固密·苏噶等藏传佛教僧人。阿哩克喇嘛向俺答汗讲解了生死轮回、因果报应等佛教教义。1575年，驻在青海的俺答汗之子丙兔以“焚香修佛”为理由，向明朝要求在青海湖西北的察卜齐雅勒地方修筑佛寺，明朝本不愿蒙古人在青海立脚，但因丙兔已采木动工，无法阻止，只得听其修建，寺院于1577年建成后，明万历帝赐名“仰华寺”。

　　1576年，库图克台彻辰洪台吉从往来青海西藏之间的商人那里听到拉萨哲蚌寺的住持同时也是转世活佛的索南嘉措的名声，就劝说他的叔祖父俺答汗信奉藏传佛教，并建议俺答汗邀请藏传佛教中名望最高的格鲁派的领袖索南嘉措到青海来相见。当时俺答汗一方面因连年征战，部下的厌战情绪比较明显，需要有一种新的精神武器来安定部众，另一方面为了顶住明朝要他退出青海的压力，寻求在青海、西藏发展的机会，感到有必要和藏传佛教建立更进一步的联系，因此接受了库图克台彻辰洪台吉的建议，派专人到西藏邀请索南嘉措前来青海会见。

　　1543年，索南嘉措在拉萨西郊堆龙德庆区的堆龙康萨贡出生，其父是当地一个小贵族。他出生后，先是在他的家庭和当地的一些僧俗人士中传出关于他的种种灵异事迹的传说，引起担任哲蚌寺法台的班钦·索南扎巴（bsod-nams-grags-pa，《新红史》的作者）和一些地方首领的重视。班钦·索南扎巴在觉莫隆寺法会上首先会见了3岁的索南嘉措，接着根敦嘉措的侍从仲乃仁波且（drung-nas-rin-po-che）带领几个随从到康萨贡去察看，并让灵童看认根敦嘉措随身携带的度母像和念珠等，班钦·索南扎巴和仲乃仁波且等认为这个灵童就是根敦嘉措的转世。哲蚌寺的乃穷护法降神师也参与了一些认定转世灵童的意见。由仲乃仁波且与哲蚌寺的堪布等商议后，经过请示帕竹政权的首领，取得帕竹第悉（明朝所封的阐化王）的同意，于1547年3月将灵童迎请到哲蚌寺。

　　索南嘉措到哲蚌寺时，全寺僧众出寺列队欢迎，在根敦嘉措的住所甘丹颇章设立两个座位，由法台索南扎巴和索南嘉措并坐，帕竹政权首领和全寺僧众、施主向灵童献了礼品。灵童以索南扎巴为师受了居士戒，起名为索南嘉措。这是达赖喇嘛活佛转世中第一次出现查访、认定、坐床等程序。不过这些都是由哲蚌寺自己进行的，虽然有请示帕竹政权首领的过程，但是并无正式批准的说法。所以这时的索南嘉措只是被称为哲蚌寺活佛根敦嘉措的转世。当索南嘉措长大成人时，他所面临的正是格鲁派的传统支持者帕竹地方政权日趋衰落，敌对的噶举派虎视眈眈，竭力限制和扼杀格鲁派险象环生的局面。索南嘉措和格鲁派上层僧侣也正希望能找到力量强大的支持者和同盟者，来加强格鲁派在西藏的地位。据《三世达赖喇嘛传》记载，在到青海会见俺答汗以前，索南嘉措就曾经到游牧在西藏北部草原上的蒙古人那里传播佛法，因此，蒙古军事力量在青海的活动以及使他们皈依自己的教派，也是索南嘉措注意到的一个问题。正是在这种形势下，俺答汗和库图克台彻辰洪台吉的使者到达拉萨后，索南嘉措与哲蚌寺的上层僧人商议后，很快就接受了这一邀请，动身到青海去与俺答汗见面。当然，索南嘉措作为格鲁派的领袖离开其根据地拉萨到青海去，在格鲁派中还是会遭到一些人的反对，只是这些反对的意见在当时的形势下起不了多大作用。五世达赖喇嘛在他自己所著的自传中就说，由于当时发生了争执，索南嘉措对一些侍从很不满意，有意再不返回拉萨，所以将本应在正月举行的拉萨祈愿大法会提前到夏天举行，错乱了缘起，因此去青海以后再没有返回。

　　索南嘉措于1577年11月从哲蚌寺动身，1578年5月间在青海湖边新建成的仰华寺（应在今天的海南州共和县恰卜恰镇附近）与俺答汗等王公见面。在会见时，俺答汗是以忽必烈自比，而将索南嘉措比作八思巴，把他们的会见比拟为忽必烈和八思巴的会见，也就是想要重新恢复元代蒙古族和藏族统治者之间的那种关系。1578年，俺答汗赠给索南嘉措一个尊号：“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”。从此索南嘉措的活佛转世系统就被称为达赖喇嘛活佛系统。

　　索南嘉措得到达赖喇嘛的尊号后，因为他是作为根敦嘉措的转世而成为格鲁派的领袖的，而根敦嘉措又是作为根敦珠巴的转世而在格鲁派中建立起他的地位的，所以格鲁派寺院集团的上层僧侣自然地将索南嘉措定为第三世达赖喇嘛，第二世是根敦嘉措，第一世是宗喀巴晚年所教诲过的弟子、扎什伦布寺的建立者根敦珠巴。

　　索南嘉措与俺答汗会见后，没有立即返回西藏，他继续在蒙古族统治阶级中结纳关系。他以格鲁派教主的身份在青海剃度了一批藏族和蒙古族人出家为僧，包括鄂尔多斯、土默特、永谢布三部的王族成员在内，这对以后的蒙藏民族关系产生了重要的影响。在送俺答汗返回土默特以后，又受俺答汗之子丙兔的邀请，前往丙兔的营地（在今甘肃省南部），并在那里为丙兔修建的一座寺院举行了开光仪式。1580年，他到了康区的理塘，在该地修建了一座寺院，即后来康区著名的长青春科尔寺，亦称理塘大寺，为了兴建这座寺院，还应三世达赖喇嘛的要求从西藏请来了藏族和尼泊尔工匠参加。

　　俺答汗回到土默特后，于1583年病故。据《蒙古源流》记载，俺答汗病重期间，部下一些王公大臣要求驱逐藏族喇嘛，理由是喇嘛不能护佑俺答汗并治好他的病。这时随同俺答汗到土默特部的东科尔二世活佛坚定了俺答汗的信心，终于使俺答汗在临终时留下遗言，要他的子孙迎请三世达赖喇嘛索南嘉措来土默特。俺答汗的继承人僧格派人到昌都请索南嘉措前来主持为俺答汗举行的超度法事，这样索南嘉措不得不从返藏途中折回，再次向北方进发。

　　俺答汗和索南嘉措的会见也引起了明朝的注意。在俺答汗与索南嘉措在青海会见后不久，索南嘉措曾通过明朝在甘州（今甘肃张掖）的官员写信给明朝，要求准许他进贡，得到明朝的准许。《明史》是这样记载这件事的：“时有僧锁南坚错者，能知已往未来事，称活佛。顺义王俺答亦崇信之。万历七年，以迎活佛为名，西侵瓦剌，为所败。此僧戒以好杀，劝之东还，俺答亦劝此僧通中国。乃自甘州遣书张居正（时任明朝宰相——引者），自称释迦摩尼比丘，求通贡，馈以仪物。居正不敢受，闻之于帝，帝命受之，而许其贡。”当明朝得知索南嘉措到达土默特部的消息后，特地派人前往，封给他“朵儿只唱”的名号，即藏文rdo-rje-vchang的音译，意为执金刚，赐印章，并召他来北京。这时察哈尔部的图们汗也邀请索南嘉措到察哈尔部传教。于是索南嘉措动身从土默特启程，不幸于1588年3月圆寂于途中一个名叫卡欧吐密的地方，时年46岁。

　　俺答汗和索南嘉措的会见是明末西藏历史上的一个重大事件，首先这是蒙古势力在相隔将近两个世纪后重新深入到青藏高原，其次这是当时在西藏还处于弱势的格鲁派的领袖亲自到青海、蒙古去会见蒙古首领，而且由于索南嘉措的才干，他在蒙古的出现不仅影响了土默特部、鄂尔多斯部和西藏的关系，而且也影响到察哈尔、喀尔喀等部，使对格鲁派的信仰很快席卷蒙古各部的先声，而这对其后中国民族关系和清代历史产生了重要的影响。虽然俺答汗和索南嘉措在他们会见后的十年中相继去世，但是由于他们生前所作的各种安排和已经建立起来的各种联系，格鲁派和蒙古土默特、鄂尔多斯部之间的关系不仅没有停顿，而且得到了继续发展。在这个过程中，“活佛转世”发挥了重要作用。

　　在三世达赖喇嘛索南嘉措去世后的第二年，即1589年，俺答汗的一个孙子苏密尔台吉的夫人（系成吉思汗弟弟哈撒尔十六世孙诺诺·卫征诺颜之女，名拜罕·珠拉）生了一个儿子。这本来是一件很平常的事情，但是由于当时当地特别的历史背景，很快就成为蒙藏关系史上的一件大事。索南嘉措去世后，消息传回西藏，在西藏的格鲁派僧人随即开始了寻找索南嘉措转世的工作。开始倾向于在止贡地方出生的一个小孩，后来“乃穷寺的大护法神授记说达赖喇嘛转生在蒙古地方，梵净螺髻策色曲嘉法王也作了同样的预言，认为这是值得信赖的。但是，当人们在得意时，对于护法神的预言也会蔑视的，当处于逆境时，对于一些无稽之谈也会奉为神明而深信不疑，这已成为一种普遍的习惯（因此对护法的预言并没有清楚认识）。当时，滞留在蒙古地方的达赖喇嘛行辕由索本楚臣嘉措负责，他和昂索佐莫喀瓦二人专门派人给拉萨方面送去了书信。信中说：‘我们从遥远的地方，极其恭敬地致书于以襄佐仁波且为首的曲杰协敖、昂索协敖以及长幼随侍们。近来全体师徒身体安康，正在做二规利生大事。贫僧我等仰仗遍知一切（索南嘉措）的慈悯，身体安然无恙，负责行辕，进行利生活动，特此致意。去年十二月三十日，彻辰曲库尔的别吉穷哇（次妃）分娩一子，在他身上出现了一些吉祥瑞光。王妃将此子匿而不宣，遂致王妃昏迷不醒达三月之久。当初王妃曾梦见她向身着白色袈裟的活佛（指索南嘉措）顶礼致敬时，遇到一位白色天神。王妃醒来后觉得有妊。怀孕期间，觉着腹中空空如也，身心有一种不同寻常的安适，出现了许多兆头，但她从未声张过。在怀胎八月时，一位白色天神对王妃说：‘你怀的这个胎儿是达赖喇嘛的化身，往后将他扶上法座，接见部众。’于是，昂索佐莫喀哇等人对这个幼儿进行验证，将他扶上法座，顿时花雨骤降，出现了奇兆。后来，这个消息传遍蒙古诸部。在前往察哈尔时，我顺路前去访问了这个孩子，当时这孩子才出世不过十个月，的确是一个非常奇特的幼童，他的坐姿以及饮食动作都特别。不管他是不是尊者遍知一切的转世，反正不是个凡夫俗子。我们在此的众人没有得到指示，尚未断定其真伪，只提供这些征兆。西藏方面可曾出现可信的预兆？如果没有出现，你们师徒应向护法神求示预言，打卦占卜，看会不会出现更为可信的吉兆。在这里，所有的部落中都流传着这样（关于灵童）的说法，所以我们将所见所闻禀报给你们。如果得到指示足以为信，请速作商定。再者，王妃还说了许多难以判定是非的预言，兹不赘述。土牛年（1589）十月十五日于曲库尔部落牧地’。根据这种情况，（在拉萨的众人）放弃了在止贡方面寻找的希望”。西藏的格鲁派方面依据这封信件报告的消息，很快就决定派出以襄佐国师巴丹嘉措为首的代表团到土默特去查验转世灵童。我们应当注意，这位襄佐国师本来就是在西藏寻访达赖喇嘛转世灵童的负责人，所以他去土默特查验转世灵童的本身，就带有倾向于认定土默特的灵童的意味。对于达赖喇嘛的转世灵童在蒙古的王族中出生，大概在西藏各教派人士和老百姓中一直有许多不同的议论，所以五世达赖喇嘛在1653年写作《四世达赖喇嘛传》时专门作了一大段解释：“根据这种情况，（在拉萨的众人）放弃了在止贡方面寻找的希望。以襄佐国师为首的使团抱着迎请灵童的希望又向蒙古出发。当今之世，人们贪图大喇嘛们的权势，争着做转世灵童，而在过去那个美好的时代里并不时兴这种恶习。何况当时仅仅是有灵童是否在止贡出生的疑问，夏仲曲嘉彭措已经成为大德，不可能去做目光短浅的竞争之事。不论是灵童出生在西藏还是蒙古，襄佐国师都会依照悬记等可信的根据去寻求，这与当今那些认为出身于蒙古王族中就可以财大气粗，出身于西藏的大喇嘛或贵族家庭中就可以在该地得到享受的臆想者截然不同。”在这种形势下，苏密尔台吉的儿子很快就被蒙古王公和格鲁派僧人共同确认为三世达赖喇嘛索南嘉措的转世，接着，西藏的格鲁派上层也承认了这一认定。于是，俺答汗的这个曾孙就成为蒙藏社会公认的第四世达赖喇嘛云丹嘉措。

　　在历辈达赖喇嘛中，只有这一世是蒙古族，其余的都是藏族。到1602年，四世达赖喇嘛已经14岁，拉萨哲蚌寺派出代表前往土默特迎接他入藏，蒙古各王公也派人专程护送。四世达赖喇嘛入藏的时间一再推延，是因为这一时期土默特部在青海与明朝发生战争，关系紧张。俺答汗去世后，由其长子僧格都棱继承他的顺义王位，但是僧格都棱在两三年后又去世了，由其子扯力克继承。由于扯力克威望不足以控制土默特留在青海的部众，一些首领开始攻击和抢掠明朝在青海的辖地，双方关系紧张起来。1589年也即是四世达赖喇嘛出生的那一年，顺义王扯力克向明朝提出，为护送三世达赖喇嘛的骨灰和安定土默特在青海的部众，请允许他到青海。他到达青海以后，受火落赤等人的鼓动，放任和支持火落赤等部攻击明朝的河州、洮州、贵德、西宁等地，与明朝接连发生冲突。1595年，明军在西宁南川打败土默特部的进攻，取得所谓南川三捷的胜利。在这时扯力克才承认失败，返回土默特，与明朝重新修好。直到扯力克与明朝恢复友好关系以后，1602年云丹嘉措才从土默特动身进藏。

　　云丹嘉措1603年到达西藏的情形，在《四世达赖喇嘛传》中有这样的记载：“当灵童到达甘丹寺时，僧人们身披袈裟，念诵佛经，敲锣打鼓，如黄鸭聚集在池塘里一般，成群结队地前来迎接。当时天气晴好，却降下花雨。灵童到各佛殿巡礼，尤其是在瞻仰大银塔（指甘丹寺的宗喀巴大灵塔）时，灵童亲眼目睹了遍知一切罗桑扎巴（即宗喀巴大师）现身。灵童为当地和外来的僧人们发放了大量布施，使他们感到满意。在大会上，他为僧众宣讲了纯正的佛法。”“在即将抵达雪域的中心拉萨大昭寺时，前来迎接的僧俗仪仗马队不可胜数，数以万计的人群漫山遍野，人山人海，令人目不暇接，人们议论说：‘我们得到如此眼福，莫不是法师的幻术。’大多数人则想起遍知一切索南嘉措贝桑布，不禁伤心得潸然泪下，念佛祷告之词，不绝于口。”“在哲蚌寺各大喇章、康村、米村的马队的迎接之下，达赖喇嘛的灵童来到了第二普陀山西藏的吉祥哲蚌大寺，登上了噶丹颇章的狮子法座。由古东仁波且负责，为前来迎接和聚会的僧俗人等大张盛宴，以红糖酪糕、肉、糌粑等上好食品进行招待。此外，还有上寝殿、七大扎仓、有德行的阿阇梨以及各康村、米村的不少有钱的僧人也将灵童请到各自的住处，奉献厚礼。”

　　格鲁派从蒙古迎请来了达赖喇嘛的转世灵童，接下来的任务就是对转世灵童按格鲁派的传统进行必要的教育，使其成为能够代表卫藏地区格鲁派僧俗上层的宗教领袖，因此为灵童剃度和选择老师就成为当时格鲁派的一件大事。格鲁派上层开始是要迎请瓦索活佛（济咙活佛）拉旺曲吉嘉措，但是他在这时圆寂了，于是由已卸任的甘丹赤巴桑杰仁钦担任堪布，由在任的甘丹赤巴格敦坚赞担任轨范师，给四世达赖喇嘛剃度并授沙弥戒。在当时围绕为四世达赖喇嘛选择老师的问题，格鲁派内部就已经发生了一些矛盾，五世达赖喇嘛说，一些格鲁派僧人不喜欢桑杰仁钦，对他进行攻击诋毁，因此在云丹嘉措受沙弥戒后，“此后有一段时间，达赖喇嘛云丹嘉措暂随甘丹赤巴和卸任甘丹赤巴学习佛法。后来，卸任甘丹赤巴大师以不能胜任说法，甘丹赤巴以学识不广为由辞去经师之职。甘丹赤巴建议说：‘现任扎什伦布寺住持职务的班禅喇嘛乃是我的弟子，我们关系密切，他精通教法，年富力强，可以胜任传经授法之重任，由他担任达赖喇嘛的讲经师傅，如何？’”当时班禅洛桑却吉坚赞也正好到拉萨来拜会云丹嘉措，云丹嘉措对他的印象很好，对于他担任达赖喇嘛的老师，虽然也有一些人反对，主张请哲蚌寺的僧人担任，但是最后还是决定请他出任。《四世达赖喇嘛传》记载：“于是，按照甘丹赤巴格敦坚赞的意见，夏仲仁波且（即达赖喇嘛）与襄佐经过商议，想法亦一致，请班禅给他们师徒讲授教法，班禅大师也非常高兴地答应下来。扎什伦布寺的阿阇梨们被打发回去。他们师徒（指班禅大师和达赖喇嘛）暂时住在哲蚌寺，教习佛法，循序渐进。他们师徒感情甚笃，心心相印。最初见面时，班禅的座位与后藏扎什伦布等寺院住持通常的座位一样，铺着地毯褥垫。听受教法后，从其宝座来看，给予了像帝师一样崇高的礼遇。”

　　这件看来很普通的为达赖喇嘛选择老师的事情，后来却发生了十分深远的影响，班禅活佛转世系统由此走进西藏历史的中心舞台，并逐步成为仅次于达赖喇嘛的另一个重要的活佛系统。在班禅洛桑却吉坚赞和格鲁派高僧们的教育下，云丹嘉措很快就适应了自己的达赖喇嘛的生活。作为达赖喇嘛他在1604年主持了拉萨的祈愿大法会，并给格鲁派带来了一种令人振奋的气象。《四世达赖喇嘛传》记载：“木龙年（1604），达赖喇嘛云丹嘉措主持了正月神变大祈愿法会。那些虔诚信徒们是为了亲睹佛面聆听说法而来，而有的人是听说当年将来大量北方的商客，为图谋厚利争先而来。人们各怀心思，举行大集会，围廊上下及八角街上挤满了人群。在拉萨大昭寺的觉卧像与五尊自成佛像等与真佛及佛子没有差别的释迦佛像前，达赖喇嘛云丹嘉措介绍了祈愿法会，讲述了佛祖释迦牟尼的《三十四本生传》。他用藏语讲演，铿锵有力，精彩动人，其中还夹杂着浓厚的堆龙河谷的方言，使人们大为惊异。大家议论说如今卫藏的喇嘛竟然转生于蒙古，而且说一口流利的纯粹的藏语，确是一件非同小可的稀有奇迹。祈愿法会期间，达赖喇嘛师徒和来自附近各地的客人们向参加法会的僧俗人等熬茶布施，发放金银缎匹、茶布等无数布施物品，使人们好似在享用财神的库存。”此后，云丹嘉措到前后藏各地朝礼圣地，拜会各地支持格鲁派的首领，鼓舞格鲁派僧俗人士，对格鲁派在困难时期稳住阵脚起了重要作用。

　　当时在西藏，支持格鲁派的有拉萨河流域的领主第巴吉雪巴，山南地区的领主、传说是吐蕃王室后裔的第巴拉嘉里，而格鲁派传统的支持者帕竹家族正在进一步衰微和分裂。敌视格鲁派的后藏仁蚌巴家族在1565年被辛厦巴家族所取代，辛厦巴家族的势力在17世纪的最初十几年迅速膨胀，1605年，辛厦巴·才旦多吉联合止贡噶举派打垮了第巴吉雪巴，控制了拉萨地区。1610—1613年，辛厦巴·才旦多吉之孙彭措南杰接连攻破山南的领主雅郊巴和拉萨附近的澎波（盆域）和内邬宗，到1618年又消灭了名义上还延续着的帕竹地方政权，成为基本上控制全西藏的统治者，历史上称为藏巴汗或第悉藏巴政权。新兴的藏巴汗政权虽然没有公开表示要镇压格鲁派，但是他们仍然是噶玛噶举派的支持者，也支持觉囊派和萨迦派，对格鲁派则实行限制的办法，事实上是格鲁派最强大的敌人。

　　1614年，四世达赖喇嘛以班禅洛桑却吉坚赞为师在哲蚌寺受了比丘戒。受比丘戒是佛教僧人一生中的一件大事，洛桑却吉坚赞给云丹嘉措授比丘戒是班禅和达赖喇嘛两大活佛系统之间互相授比丘戒的第一次，以后虽然没有明确的规定，但是在可能的情况下，达赖喇嘛和班禅大师之间互相授戒的情况多次发生，成为他们之间关系中的一项重要内容。1616年，明万历帝派专人进藏，给予四世达赖喇嘛“普持金刚佛”的封号和封文，《四世达赖喇嘛传》记载说：“火龙年（1616）三月，明朝万历皇帝派来了以喇嘛索南罗追为首的许多汉人，赐予达赖喇嘛‘普持金刚佛’的封号、印信和僧官制服，他们将达赖喇嘛迎请到哲蚌寺的甲吉康（汉人公所）里，向达赖喇嘛奉献了礼物，演出了很多奇特精彩的娱乐节目，转达了明朝皇帝邀请他去汉地的旨意。达赖喇嘛为缔结善缘，接受了邀请。”

　　1616年藏历十二月二十五日，四世达赖喇嘛云丹嘉措突然在哲蚌寺圆寂，时年28岁。有人说四世达赖喇嘛是被藏巴汗彭措南杰派人害死的。因为藏巴汗彭措南杰得了重病，据说是四世达赖喇嘛对他进行了诅咒所致，这事被藏巴汗彭措南杰察觉，于是派人将四世达赖喇嘛害死。这只是一种传说，藏巴汗害死四世达赖喇嘛是可能的，但不一定是因为四世达赖喇嘛“诅咒”了他，主要原因还是这两大封建领主之间的权力斗争。

　　四世达赖喇嘛去世后西藏的形势复杂多变，藏巴汗认为在格鲁派的首要代表人物达赖喇嘛去世后，对格鲁派加以打击的时机已经到来，因此他利用政治权力下令禁止寻找四世达赖喇嘛的转世灵童。为了对付藏巴汗的打压，格鲁派的施主第巴吉雪巴于1617年请来了喀尔喀部的一支蒙古军队，联合起来与藏巴汗的军队作战。起初是蒙古军队获胜，但后来第巴吉雪巴和哲蚌、色拉二寺的僧兵发生内讧，藏巴汗彭措南杰率兵一万从后藏赶来，进行反攻，于1618年7月攻破哲蚌、色拉二寺，据说在这一战争中格鲁派僧俗人众死亡五千余人。喀尔喀蒙古军战败后撤走，而哲蚌、色拉二寺和第巴吉雪巴的许多庄园被第悉藏巴占有，哲蚌寺和色拉寺被迫向藏巴汗缴纳大量罚金。哲蚌寺的强佐（襄佐）索南饶丹佯称到曲科杰寺（在今西藏加查县境内，为二世达赖喇嘛根敦嘉措创建）去取前世达赖喇嘛埋藏的财物以缴纳罚金，向藏巴汗请假数月。他在半路上巧妙地摆脱了藏巴汗派去监视的人员，间道前往青海，向驻在青海的土默特部求援。

　　1621年，青海蒙古土默特部的拉尊穷哇罗桑丹增和洪台吉二人率骑兵两千人和索南饶丹一起到达拉萨，与吉雪巴和支持格鲁派的武装联合，对抗第悉藏巴的军队。此时刚好藏巴汗彭措南杰在攻打西藏东南部时在一场天花中病逝，由他16岁的儿子丹迥旺波继任藏巴汗。双方军队在拉萨展开交锋，蒙古军队以少胜多，很快就打垮了藏巴汗的一万人的军队，把他们赶到药王山包围起来。这时班禅洛桑却吉坚赞、当时的甘丹赤巴楚臣群培（亦称林麦曲杰楚臣群培）和达隆寺的夏仲等人出来调停，双方停战，藏巴汗答应交还以前夺取的哲蚌、色拉两寺的庄园，并把拉萨河下游地区交给格鲁派班禅大师派人管辖。这是在蒙古土默特部军事力量的压迫下，藏巴汗地方政权不得不向格鲁派寺院集团作出的让步。由于这次战争的胜利，五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措（1617—1682）才得以在1622年经过班禅洛桑却吉坚赞的认定和主持，被迎入哲蚌寺，担任格鲁派的领袖。

　　五世达赖喇嘛出身的霍尔家族亦称萨霍尔家族，源于古代孟加拉的萨贺尔国的王族，是吐蕃王朝时入藏的萨霍尔人的后裔。其先祖堪钦粗达哇和宣努桑布在大司徒绛曲坚赞反对萨迦和雅桑、止贡等势力控制帕竹的斗争中起过重要作用，堪钦粗达哇在与雅桑的战斗中阵亡，宣努桑布自幼充当绛曲坚赞的仆从，后升任绛曲坚赞的司茶侍从，后因对绛曲坚赞的忠诚和战争中的指挥才能被提升为帕竹万户的军事长官。他忠实执行绛曲坚赞的安排，坚守乃东不降，保住了帕竹万户，因此被绛曲坚赞视为心腹和最得力的臂膀。帕竹政权统治西藏后，霍尔家族成为帕竹的家臣和世代任职的官宦人家。

　　班禅洛桑却吉坚赞在热振寺主持摇糌粑团认定五世达赖喇嘛后，格鲁派派出的蒙藏使者到达日喀则时，刚继位的第悉藏巴噶玛丹迥旺波只有16岁，经过一番争议，年轻的第悉藏巴最后决定允许迎请达赖喇嘛的转世灵童去哲蚌寺居住。这样，五世达赖喇嘛才在1622年2月被迎请到哲蚌寺坐床，由四世班禅为他剃度，并给他起名为洛桑嘉措（后来增加了阿旺二字）。

　　据《五世达赖喇嘛传》记载，五世达赖喇嘛坐床后，当时第巴吉雪巴鼓动拉尊和古如洪台吉把五世达赖喇嘛迎请到青海去。由于害怕拉尊和古如洪台吉强行把达赖喇嘛带到青海去，索南饶丹等人秘密地把五世达赖喇嘛带到山南地区居住，并向第悉藏巴报告。从这件事可以看出，虽然当时土默特部对格鲁派有很大的影响，甚至是格鲁派危难时的依靠，五世达赖喇嘛是由于蒙古的武力干预才得以认定和坐床的，但是土默特部的首领们对于如何经营西藏和如何巩固发展与格鲁派的联盟关系，以及如何共同对付第悉藏巴还没有一个明确的计划，他们只是满足于以格鲁派支持者的身份取得对拉萨和格鲁派的部分的控制权。在这种情况下，虽然此后的几年中有土默特的首领和呼和浩特的夏仲强巴活佛来拉萨朝佛，并拜会达赖喇嘛，但是双方的关系没有出现深入的发展。1626年，土默特部的一个重要首领图巴台吉到了拉萨，建成四世达赖喇嘛的灵塔，并邀请五世达赖喇嘛到土默特部去传教，据说五世达赖喇嘛想起拉尊和古如洪台吉强迫他去青海的情形，五世达赖喇嘛不禁落泪，后来一些人把这事说成五世达赖喇嘛预见到图巴台吉返回土默特时土默特被察哈尔部林丹汗打垮，因而伤心落泪。当图巴台吉离开拉萨前，他给五世达赖喇嘛上了尊号“达赖喇嘛瓦齐尔达喇”，五世达赖喇嘛则回赠给他“岱松洪台吉”的称号。这是五世达赖喇嘛首次给蒙古首领赠予称号，不过这件事实际上是格鲁派和土默特部关系的最后的高潮，因为图巴台吉回到土默特时，林丹汗攻破了呼和浩特，将呼和浩特放火烧毁。而且紧接着喀尔喀蒙古的却图汗南下青海，在青海的土默特部众也遇到了灾难。1630年，拉尊和古如洪台吉在拉萨发生内讧，匆忙撤回青海。在青海、西藏活跃了几十年、对蒙古与格鲁派关系的建立和发展起过重要作用的土默特部就这样退出了历史舞台。

　　格鲁派的危难并不止于支持者土默特部败亡，更大的危险是林丹汗、却图汗和第悉藏巴结成了反对格鲁派的联盟。察哈尔部王族是达延汗长子图鲁博罗特传下来的长子长孙，达延汗的长子图鲁博罗特先于达延汗去世，未即汗位。达延汗的长孙博迪于1544年即汗位，博迪卒于1547年，次年，其长子达赖逊库登即汗位。达赖逊库登在汗位期间（1548—1557），察哈尔部迤西的土默特部势力已经十分强大，此时土默特部的领袖已是俺答汗。察哈尔部和土默特部从家族系统而言，察哈尔部是左翼，即达延汗的嫡传，土默特部是右翼，右翼与达延汗的血亲关系不如左翼，但是在实力上，土默特部要比察哈尔部强盛得多，以致察哈尔部的达赖逊库登汗也不得不逢迎俺答汗，俺答汗的汗号，就是达赖逊库登赠予的。

　　即便如此，俺答汗仍然以武力压迫察哈尔部，达赖逊库登被迫向东迁移，一直迁到“辽东边外”之地，即今大兴安岭以东、以南的地方，而由俺答汗的儿子们占领了原来察哈尔部所在的地方。1558年，达赖逊库登卒，由其长子图们汗继位。1587年，三世达赖喇嘛在土默特时，他派他的重臣阿木岱台吉前往拜见，并邀请三世达赖喇嘛去察哈尔部传教。

　　图们汗的长孙是蒙藏民族关系史上很著名的林丹汗（legs-ldan）。他出生于1592年，1604年13岁时即汗位，这时正是明朝末年，女真族已在盛京（今辽宁沈阳）建立后金政权，即清朝的前身。林丹汗是一个雄心勃勃的人，他企图极力恢复达延汗时代统一大漠南北蒙古诸部的局面，但是没能成功。附近蒙古诸部的领袖都不支持他，而在清朝的武力进攻下纷纷归顺清朝，反而协助清军进攻林丹汗。林丹汗信仰藏传佛教，据称他主持翻译藏文大藏经为蒙古文，不过他信仰的上师是萨迦派的夏尔巴喇嘛，他曾经从不同教派的藏传佛教僧人受戒，《蒙古佛教史》说：“在察哈尔呼图克图林丹汗的时期，以贡噶俄色为首的许多译师将《甘珠尔》等许多经典译成蒙古文。”他在察哈尔部修建了不少藏传佛教寺院，有的寺院建筑一直保存到近代，所以藏文史籍中又称他为林丹呼图克图汗。因受到新兴的后金的威胁，林丹汗想向西部发展，又率领部众前往青海，准备与喀尔喀部逃到青海的却图汗会合，共同对付卫拉特四部之一的和硕特部，以便进一步向西藏扩展势力。1634年，林丹汗在去青海途中，因出痘卒于距青海十日路程的大草滩，年43岁。林丹汗死后，其妻子和儿子额哲等率众东走，部众离散。后金皇太极听到这个消息，派兵前往，额哲在战争中被俘降清。额哲向皇太极献上传国玉玺，受到皇太极的隆重礼遇，皇太极还将次女固伦公主嫁给他。1636年，以额哲为首的蒙古16部49个封建主在盛京集会，一致决议给皇太极上尊号“博格达·车辰汗”，从此漠南蒙古正式归附了清朝，漠南蒙古各部与西藏的关系中又加进了清朝的巨大影响。

　　却图汗是阿巴岱的弟弟和硕齐的儿子，17世纪20年代察哈尔部林丹汗向西攻击土默特部，引起蒙古各部的混乱，却图汗在1631年因喀尔喀部的内乱率部南下到青海地区，击败在青海的土默特部，统治了青海地区的蒙藏部落。本来却图汗的两个伯父阿巴岱和楚琥尔都是格鲁派强有力的支持者，他最初应当也是信奉格鲁派的，但是他到青海以后，受噶玛噶举派红帽系活佛的影响，与察哈尔部林丹汗联合，准备合兵进军西藏，支持噶玛噶举派攻打格鲁派。不过林丹汗在前来青海的途中在大草滩去世，他们合兵的计划没有实现。不过此时康区的白利土司顿月多吉占领了康区的德格等地方，顿月多吉是苯教信徒，反对佛教，尤其是打击萨迦、格鲁、宁玛三派的寺院，把僧人们逮捕监禁。据说是在噶玛噶举派红帽系活佛的撮合下，藏巴汗和却图汗、白利土司结成了针对格鲁派的联盟，立誓要摧毁格鲁派势力。这使格鲁派面临新的危险。在此情况下，格鲁派上层不得不向唯一能够倚靠的卫拉特四部求援。五世达赖喇嘛的强佐索南饶丹和支持格鲁派的拉萨地区的领主第巴吉雪巴·措杰多吉等人派哲蚌寺郭莽扎仓桑洛康村的几名僧人捎密信给译师那钦和山尼卡钦，让他们化装通过青海前往卫拉特部，请求固始汗出兵救援。卫拉特部信仰格鲁派的时间要比东部蒙古各部迟数十年之久，大约在17世纪20年代，格鲁派才在卫拉特四部发展起来。当西藏格鲁派寺院集团派人向卫拉特部求援时，卫拉特四部中的和硕特部的领袖固始汗自告奋勇去救援格鲁派，而且得到了原来与他有矛盾的准噶尔部巴图尔浑台吉的支持，他在1636年率部南下青海，由此走上了统一青藏高原的道路。

　　1635年，却图汗派其子阿尔斯兰率军一万人进入西藏，在藏北当雄一带摧毁了从青海逃跑到这里的永谢布部的四个部落，因而声名大震，格鲁派的形势千钧一发，极其危险。不过当时格鲁派的领导人索南饶丹、洛桑却吉坚赞、五世达赖喇嘛等人都有卓越的才干和长远的眼光，并没有在这灾难将临时惊慌失措。五世达赖喇嘛观察到阿尔斯兰进藏后对原先的计划有了微妙的改变，阿尔斯兰并不愿意只是充当帮助第悉藏巴和噶玛噶举派打击格鲁派的军事助手，而是想直接控制西藏地区，这样，武力弱小的格鲁派反而对阿尔斯兰不构成威胁，而是噶玛噶举派和第悉藏巴与新来的阿尔斯兰的关系不好处理，因此五世达赖喇嘛决定采取静观其变的态度，没有离开拉萨。后来事情的发展果然如五世达赖喇嘛所料，阿尔斯兰到达藏北以后，并没有立即对格鲁派用兵。他领兵入藏本来就是为了寻找新的发展机会，在了解西藏各教派的情况后，看到西藏军事防御力量薄弱，就计划独自以武力统治西藏，而不愿仅仅充当噶玛噶举派的施主和第悉藏巴的联合者。他看到格鲁派对他恭敬有礼，并送上礼品，又没有军事力量与他对抗，而噶玛噶举派对他以邀请者自居，颇不顺从，第悉藏巴不愿他的军队到后藏，只想让他攻打格鲁派后返回青海。因此阿尔斯兰决定把格鲁派暂时放置一边，先用武力迫使第悉藏巴就范，然后再来解决格鲁派。于是他改变计划，分兵三路向桑珠孜进发。第悉藏巴没有预料到会有这样的突变，急忙调兵抵抗。阿尔斯兰冬季进兵，又不了解地形民情，打到羊卓雍湖以后，又令军队撤回拉萨附近，以图再举。阿尔斯兰与第悉藏巴兵戎相见以后，为在拉萨立脚，就与格鲁派改善关系，他还自己带头向五世达赖喇嘛礼拜，而格鲁派更是乘势而上，与阿尔斯兰改善关系。这种戏剧性的变化，使得第悉藏巴竟反过来要求五世达赖喇嘛和索南饶丹、噶玛巴活佛、达隆寺活佛等人到藏北去充当蒙藏两军之间的调解人，并由洛桑却吉坚赞和索南饶丹在白朗地方充当第悉藏巴和阿尔斯兰结立和约的见证人。格鲁派又一次用善于交际的办法做到了化险为夷，绝处逢生。

　　这以后阿尔斯兰在西藏的教派纷争中无所适从，虽然拥有众多的军队，但是不知道在格鲁派和第悉藏巴、噶玛噶举派等势力中究竟应当向谁进攻，一直迟留在藏北和拉萨。到1637年初听到固始汗已经进兵青海的消息后，阿尔斯兰才带领部众匆忙返回青海。但是由于阿尔斯兰进藏后没有按原定计划攻击格鲁派，噶玛噶举派红帽六世活佛曾经写信向青海的却图汗控告，却图汗密令其部下诱杀阿尔斯兰，结果在回青海的路上阿尔斯兰被其部将岱青杀害，部众溃散。

　　1636年秋末，固始汗率和硕特部兵马，配合巴图尔浑台吉的准噶尔部援军，自伊犁地区出发，穿越塔里木盆地，在秋冬之交趁冰冻越过黑达水大沼泽地后进入青海。固始汗先在今青海省乌兰县的卜浪沟地方休整兵马，次年正月进兵青海湖西北岸，向却图汗发动突袭。固始汗以少胜多，在很短时间内即以一万余精兵摧毁却图汗的三万（一说四万，见《西藏王臣记》）军队，交战处的两座山冈都被鲜血染红了，因而得名大小乌兰霍硕。固始汗之子达延台吉又将却图汗的残兵追赶到哈尔盖地方的冰滩上。据说却图汗逃进一个旱獭洞里，终被俘获，大约是被杀了。

　　固始汗统治青海以后，加紧与格鲁派寺院集团联系，积极准备进军西藏。固始汗在1637年的秋天到了拉萨，与五世达赖喇嘛和四世班禅会面。固始汗与五世达赖喇嘛、洛桑却吉坚赞、索南饶丹等人的这次会见对西藏历史和格鲁派的命运具有十分重要的意义。但是当时格鲁派还在第悉藏巴的控制之下，所以双方都没有大事张扬，我们从后来发生的一系列事件中可以看出他们在这次会见时一定就双方采取配合默契的行动达成了协议，因此这次会见实际上是格鲁派和固始汗的正式结盟。这次固始汗和四世班禅、五世达赖喇嘛的秘密会见，至少决定了以下三件事：一、决定共同派遣专人到盛京向尚未进关的清朝联络关系，从这一决定证明这些蒙古族和藏族的统治阶级并不是闭目塞听的，他们都颇有政治敏锐性。他们看出明朝的皇帝虽然还坐在北京的金銮殿上，但是已经没有必要去理会他了，而在东北兴起的清朝，却大有取代明朝的可能性。在此之前，固始汗就已经和清朝有了联系。正因为固始汗在卫拉特四部中是最早归顺清朝的汗王，因此固始汗和他的子孙在将近一百年中始终受到清朝的优待。二、由固始汗进兵康区，消灭康区的白利土司，以解除攻打藏巴汗的后顾之忧。三、在消灭白利土司以后，共同摧毁藏巴汗地方政权。

　　固始汗南下青海后，与格鲁派联合起来在军事上打败第悉藏巴以及和他结盟的康区白利土司是完全有把握的。但是固始汗也遇到“投鼠忌器”的问题，他考虑到格鲁派孤悬在拉萨地区，如果直接从青海进兵西藏，第悉藏巴提前采取行动，由白利土司将固始汗阻击在康区，第悉藏巴在西藏先打掉格鲁派的据点，就会使固始汗失去在西藏的内应和支持格鲁派的宗教旗帜，即使打入西藏也会孤军奋战，难以立足，也不利于固始汗统治整个青藏高原的计划。因此固始汗和格鲁派先采取了文的一手，固始汗宣称满足于取得对青海的统治，在青海迎请高僧，修建寺院，他还忙于在青海安置部众，并将准噶尔巴图尔洪台吉等赠礼送回新疆，以向西藏第悉藏巴和噶玛噶举派表示无意用兵西藏。并由固始汗几次派出使者到拉萨迎请五世达赖喇嘛到青海传法，五世达赖喇嘛和强佐索南饶丹等又派人到日喀则去向第悉藏巴请示，使得第悉藏巴处在左右为难的境地，如果同意五世达赖喇嘛去青海又担心格鲁派和固始汗的关系进一步加强，如果不同意五世达赖喇嘛去青海，又总觉得五世达赖喇嘛在西藏对第悉藏巴有某种威胁。

　　与固始汗的行动相呼应，格鲁派的领袖四世班禅洛桑却吉坚赞、五世达赖喇嘛等人谨慎从事，作出努力改善和第悉藏巴的关系的姿态，在公开和私下的许多场合宣称只要第悉藏巴对格鲁派像对噶举派、萨迦派一样，格鲁派愿意服从第悉藏巴的统治。在格鲁派的拉萨正月祈愿法会上，索南饶丹安排格鲁派的僧众当着第悉藏巴及其属下念诵四世班禅洛桑却吉坚赞撰写的祈祷第悉藏巴健康长寿的愿文。格鲁派的这些行动，果然使第悉藏巴产生了自己在西藏的统治依然稳固的错觉，第悉藏巴在这几年中为巩固自己的地位，重新制定了法律，下令撤除地方势力建的堡寨，以免有人据以作乱，并在桑珠孜、拉萨的格鲁派寺院附近兴建寺院，以抵销格鲁派的影响。为了进一步稳住第悉藏巴，1639年夏天，固始汗派他尊奉的一名青海格鲁派僧人戴青绰尔济（即车臣曲杰）和一些蒙古首领入藏，向各个寺院布施财物，并到桑珠孜，一面以武力威胁，使第悉藏巴不敢对格鲁派动手，一面由四世班禅洛桑却吉坚赞出面，宣称固始汗和格鲁派一致尊重第悉藏巴在前后藏的统治地位，希望以第悉藏巴为首，由西藏各教派的僧俗首领和固始汗联合派一个使团到穆克顿（今沈阳）去，与后金政权（此时已经改用大清国号）建立关系，并说固始汗在几年以前已经派人去过，受到很好接待，如果再以第悉藏巴的名义派使团去，得到大清皇帝的支持，对第悉藏巴、固始汗和西藏各教派都有好处。这一番话使第悉藏巴觉得合情合理，就欣然同意，由第悉藏巴、噶玛巴黑帽系活佛、萨迦法王、达赖喇嘛、四世班禅、主巴噶举活佛、达隆噶举活佛等写了给清朝皇帝的信，准备了礼品。由于第悉藏巴噶玛丹迥旺波还很年轻，缺乏政治经验，他所支持的噶举派、萨迦派首领又各为自己打算，目光短浅，所以这一西藏使团竟由格鲁派和固始汗一手包办，由戴青绰尔济充当使者，西藏和清朝联系的主动权全部操纵在固始汗和格鲁派的手中。

　　在第悉藏巴面对威胁竟毫无作为的几年当中，固始汗和格鲁派却按部就班照自己的计划行事。固始汗以康区的白利土司崇信苯教、迫害佛教僧人为由，1639年从青海进兵康区，攻打白利土司。固始汗的骑兵行动迅速，在西藏的第悉藏巴还未弄清楚准确消息时，固始汗已经擒杀了白利土司，控制了康区，打开了通向西藏的大门。不过此时固始汗仍然对第悉藏巴采取迷惑的办法，他释放了被白利土司监禁的萨迦派、格鲁派、噶举派等教派的僧人，让他们返回西藏，宣传固始汗将要从康区返回青海，又说要派他的两位王妃到拉萨，向觉卧佛像献礼，酬答佛的保佑，并宣称王妃身体不好，不能去桑珠孜，请四世班禅到拉萨一见，王妃就要返回青海。五世达赖喇嘛也在接待固始汗的使者时要求固始汗率部回青海，不要前来拉萨。固始汗本人也确实率兵向青海走了一段路程，他本人确实还回新疆参加了1640年9月召开的制定著名的《卫拉特法典》的卫拉特和喀尔喀部的王公大会。这些现象迷惑了第悉藏巴，他不相信大难即将降临，认为虽然失去了白利土司这样一个远方的同盟者，但是自己对前后藏的统治还是稳固的，仍然一厢情愿地希望固始汗不会冒险进入西藏，因此始终没有下决心集结军队把拉萨地区和格鲁派控制起来，没有认真做好和固始汗交战的准备。而格鲁派暗地里一直在加紧准备与第悉藏巴的最后的决战。在为固始汗通报康区战胜捷报的使者送行时，索南饶丹代表格鲁派向固始汗发出了立即进兵攻打第悉藏巴的正式要求，并为固始汗的进兵做了准备。

　　1641年5月，固始汗的大军抵达当雄前，进兵的消息一直封锁得很严密，按照固始汗的安排，拉萨方面派人以和王妃见面的名义请四世班禅到拉萨来，以躲避战火。四世班禅走到仁蚌时，第悉藏巴才从达隆寺那里得到固始汗入藏的确切消息，立即下令将四世班禅扣留在那里，后来第悉藏巴想要四世班禅代他向固始汗求情，四世班禅才得以脱身到拉萨。而格鲁派在听到固始汗的军队到来时，立即派出干练人员前去当雄迎接固始汗，充当向导，引领固始汗经南木林直插后藏，将第悉藏巴包围在桑珠孜城堡中。蒙古军还分兵一部，切断前后藏的交通联络，并由格鲁派组织的僧兵配合，招降前藏各地方首领，攻打拒不听命的第悉藏巴的守军和地方贵族。

　　由于第悉藏巴没有认真做好战争准备，加上格鲁派在前藏地区的多年经营，蒙古军和格鲁派在前藏进行得十分顺利，少数顽抗的城堡被迅速攻破，各地方首领纷纷参加到反对第悉藏巴的行列中，这就使战争的胜负只取决于桑珠孜的攻防一战，不过，到了生死关头，第悉藏巴还是表现了他作为一个新兴政权的顽强战斗力，在外援断绝的艰难条件下，与数量占优势的固始汗和格鲁派的联军拼死决战，并对进攻者以重大杀伤，坚守桑珠孜城堡达10个月之久。直到1642年3月，桑珠孜才最终被攻破，第悉藏巴噶玛丹迥旺波被俘。第悉藏巴政权存在了短短的24年，就被推翻了。噶玛丹迥旺波被俘后，固始汗先把他监禁在拉萨附近的内邬宗，准备给他一些庄园，让他做一个小贵族。后来，由于第悉藏巴手下的一些人发动叛乱，企图杀死固始汗和五世达赖喇嘛，救出噶玛丹迥旺波，固始汗为铲除第悉藏巴政权复辟希望，把噶玛丹迥旺波投入拉萨河中处死。

　　1642年3月底，固始汗把五世达赖喇嘛从拉萨请到桑珠孜，并召来帕木竹巴和萨迦的首领，在蒙藏僧俗大众的集会上向五世达赖喇嘛敬献大量战利品，其中包括八思巴的法器、宝饰，仁蚌巴的帐幔、佛像等，宣布把西藏十三万户献给五世达赖喇嘛，他自己以格鲁派的施主和保护者自居，这次大会标志着格鲁派和蒙古和硕特部在西藏联合政权的正式建立。在这个政权中，固始汗是统治包括青海、康区、西藏在内的整个青藏高原的蒙古汗王，他命自己的儿子们分别管理青海、康区，他自己则坐镇西藏，任命索南饶丹为管理行政事务的第巴，进行统治。固始汗还下令把桑珠孜改名为日喀则，以消除它曾作为全藏的首府的影响。6月底，五世达赖喇嘛和固始汗等人回到拉萨，在罗布林卡举行大会，甘丹赤巴代表格鲁派颂扬了固始汗护持佛教、与格鲁派联合取得西藏地方政权的功绩，拉萨各界人士连续多天举行献礼和演出，庆祝推翻第悉藏巴政权和以拉萨为首府的甘丹颇章政权的建立。

　　1644年清军入关，中国历史上的一个新的朝代——清朝建立。就在两年前的1642年，在西藏地方一个新的政权——甘丹颇章政权也建立起来，西藏的历史进入了一个新的时期。